1.檢查部門(mén)
高企認(rèn)定主管部門(mén)：科技、財(cái)政、稅務(wù)部門(mén)，其他相關(guān)部門(mén)：環(huán)保、質(zhì)量/安監(jiān)、審計(jì)等部門(mén)。
2.檢查要點(diǎn)
科技部門(mén)
1.技術(shù)領(lǐng)域是否屬于管理辦法或工作指引中的領(lǐng)域
2.專利權(quán)屬及專利時(shí)效確認(rèn)
3.主要產(chǎn)品（服務(wù)）收入占高新收入比例是否超過(guò)50％
4.申報(bào)前后各期數(shù)據(jù)對(duì)比及與高新年報(bào)數(shù)據(jù)對(duì)比
5.申報(bào)材料各項(xiàng)指標(biāo)核對(duì)
財(cái)政部門(mén)
1.每年定期對(duì)承擔(dān)高企審計(jì)的事務(wù)所進(jìn)行底稿等風(fēng)險(xiǎn)檢查，并抽選部分企業(yè)進(jìn)行延伸檢查
2.會(huì)計(jì)師事務(wù)所行業(yè)協(xié)會(huì)自律檢查
稅務(wù)部門(mén)
1.企業(yè)專審報(bào)告數(shù)據(jù)歸集及其支撐票據(jù)憑證的真實(shí)性及一致性
2.研發(fā)費(fèi)用歸集口徑是否符合高企認(rèn)定工作指引要求
3.研發(fā)費(fèi)用及高新技術(shù)產(chǎn)品收入與企業(yè)實(shí)際發(fā)生是否一致
4.高企認(rèn)定稅收優(yōu)惠備案檢查
5.研發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除備案檢查
6.其他相關(guān)稅務(wù)檢查
環(huán)保部門(mén)
1.是否存在環(huán)評(píng)風(fēng)險(xiǎn)
2.是否存在嚴(yán)重環(huán)境違法行為
質(zhì)量/安監(jiān)部門(mén)
是否存在重大質(zhì)量、重大安全事故
審計(jì)部門(mén)
1.針對(duì)行政公職人員瀆職、受賄等違法行為的延伸檢查
2.國(guó)有企業(yè)自身的定期審計(jì)檢查
3.企業(yè)備查資料
（1）科技人員證明材料
（2）知識(shí)產(chǎn)權(quán)證明材料
（3）科研項(xiàng)目證明材料
（4）科技成果轉(zhuǎn)化證明材料
（5）研發(fā)費(fèi)用明細(xì)賬及相關(guān)憑證
（6）高新收入證明材料
（7）研究開(kāi)發(fā)組織管理證明材料
（8）檢查部門(mén)要求的其他資料
高新技術(shù)企業(yè)稅收優(yōu)惠資格有效期為三年，許多企業(yè)重視申報(bào)，忽視資格維持，從而帶來(lái)潛在的稅務(wù)風(fēng)險(xiǎn)。企業(yè)獲得高新技術(shù)企業(yè)資格后，在其資格有效期內(nèi)應(yīng)每年5月底前通過(guò)“高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作網(wǎng)”，報(bào)送上一年度知識(shí)產(chǎn)權(quán)、科技人員、研發(fā)費(fèi)用、經(jīng)營(yíng)收入等年度發(fā)展情況報(bào)表；在同一高新技術(shù)企業(yè)資格有效期內(nèi)，企業(yè)累計(jì)兩年未按規(guī)定時(shí)限報(bào)送年度發(fā)展情況報(bào)表的，由認(rèn)定機(jī)構(gòu)取消其高新技術(shù)企業(yè)資格，在“高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作網(wǎng)”上公告。
根據(jù)《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理辦法》要求，“科技部、財(cái)政部、稅務(wù)總局應(yīng)建立隨機(jī)抽查和重點(diǎn)檢查機(jī)制，加強(qiáng)對(duì)各地高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作的監(jiān)督檢查。”
因此，企業(yè)不僅要重視認(rèn)定時(shí)資料的準(zhǔn)備，更應(yīng)當(dāng)注重資格維持，為期滿后重新認(rèn)定及后續(xù)可能面臨的檢查做好充分準(zhǔn)備。
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